Այս նկարի «Մոնա Լիզա» անվան ծագումը գալիս է Վերածննդի արվեստի պատմագիր Ջորջո Վազարիից, ով գրում է. «Լեոնարդոն Ֆրանչեսկո դել Ջոկոնդոյի համար ձեռնարկեց նրա կնոջ`   Մոնա Լիզայի դիմանկարի ստեղծումը» «Մոնա» բառը իտալերեն ma donna (թարգմանաբար՝ իմ տիրուհի) դիմելաձևի քնքշացված տարբերակն է։

Լեոնարդո դա Վինչին «Մոնա Լիզայի» վրա սկսել է աշխատել 1503 կամ 1504 թ. Իտալիայի Ֆլորենցիա քաղաքում։ 1516 թ. Ֆրանսուա I թագավորը հրավիրում է Լեոնարդոյին աշխատելու Ամբուազի մոտ գտնվող դղյակում։ Կարծիք կա, որ նա իր հետ վերցրել է «Մոնա Լիզան»`   նրա վրա Ֆրանսիայում գտնվելու ժամանակ աշխատելու համար և դա արել է մինչև 1517 թ.: Նրա մահից հետո այս նկարը մյուս աշխատանքների հետ միասին ժառանգեց իր աշակերտ և օգնական Սալաին:

Արքան նկարը գնեց 4000 էքյու վճարելով և պահեց Ֆոնտեբլո պալատում, որտեղ այն մնաց մինչև Լուի XIV-ին հանձնելը: Լուի XIV-ն այն տեղափոխեց Վերսալի պալատ: Ֆրանսիական հեղափոխությունից հետո նկարը տեղափոխվեց Լուվր, սակայն մի կարճ ժամանակ մնալով Տյուիլրի պալատում գտնվող Նապոլեոնի ննջարանում: Ֆրանս-Պրուսական պատերազմի ընթացքում (1870–1871) այն գտնվել է Բրեստի զինանոցում:

Երկրորդ համաշխարհային պատերազմի ժամանակ նկարը նորից են հանել Լուվրից և տեղափոխել անվտանգ տեղ, սկզբում`   Շատո դ’Ամբուազ, հետո՝ Լոկ-Դյո աբբայություն և Շատո դը Շամբոր, հետո, ամենավերջում՝ Մոնտոբան քաղաքի թանգարան։ Քսաներորդ դարում նկարը միայն երկու անգամ է հանվել Լուվրից։ 1963 թ. այն ցուցադրվել է ԱՄՆ-ում, 1974 թ.`   Ճապոնիայում:

«Մոնա Լիզայի» պատմության մեջ եղել է գողության մեկ դեպք։ Այն տեղի է ունցել 1911 թ. օգոստոսի 21-ին։ Նկարը հայտնաբերելու համար փակվեցին երկրի սահմանները։ Թանգարանի ղեկավարությունն ազատվեց աշխատանքից։ Կասկածի տակ էին ընկել բանաստեղծ Գիյոմ Ապոլիները, ում նույնիսկ կալանավորեցին, նկարիչ Պաբլո Պիկասոն։

Նկարը գտնվեց միայն երկու տարի անց՝ Իտալիայում։ Պարզվեց, որ գողությունն իրականացրել է Լուվրի աշխատող, հայելիների իտալացի վարպետ Վինչենցո Պերուջան (իտալերեն`   Vincenzo Peruggia): Կարծիք կա, որ նրա նպատակն է եղել նկարը պատմական հայրենիք վերադարձնելը, համարելով, որ ֆրանսիացիներն իրենցից են գողացել և մոռանալով, որ Լեոնարդոն ինքն է այն տարել Ֆրանսիա: Նկարը գտնվեց նույնպես այն գողացողի մեղքով`   Վինչենցոն պատասխանել էր թերթում տպագրված Ուֆիցիի պատկերասրահի տնօրենի հայտարարությանը և առաջարկել էր վաճառել իր գողացած նկարը։ Գողության համար Պերուջան փոքր ժամկետով բանտ նստեց, չնայած նրան, որ իտալացիները գովում էին հայրենասիրության համար։ Իտալական քաղաքներում ցուցադրվելուց հետո 1914 թ. հունվարի 4-ին Ջոկոնդայի դիմանկարը վերադարձավ Փարիզ։ Այդ ամբողջ ընթացքում «Մոնա Լիզան» պատկերվում էր ամբողջ աշխարհի թերթերի և ամսագրերի երեսներին, փոստային բացիկների վրա և, շնորհիվ դրա, դարձավ պաշտամունքի առարկա ամբողջ աշխարհում։

2009 թ. ապրիլի 2-ին ֆրանսիական քաղաքացիություն չստցած մի ռուսաստանցի կին ապակու վրա է նետել կավե աման։

Մինչ այդ 1974 թ. ապրիլին Տոկիոյում ցուցադրվելու ժամանակ մի կին, վիրավորված լինելով հաշմանդամների հանդեպ թանգարանի վերաբերմունքից, փորձել էր կարմիր ներկ փչել նկարի վրա։

Այս վերջին երկու դեպքերում նկարը չի տուժել։